Zima 2012

Po zakończeniu wydarzeń z Amagami SS, Junichi Tachibana, licealista, kontynuuje rozwijanie swoich relacji z dziewczynami ze swojej szkoły. Amagami SS+ Plus oferuje świeże spojrzenie na to, co dzieje się po zakończeniu indywidualnych historii każdej z bohaterek, dostarczając nowej dawki emocji i komplikacji w ich życiu uczuciowym.

Każda z dziewcząt wchodzi w nowy etap relacji z Junichim, a ich losy splatają się z jego w różnych, nieprzewidywalnych kierunkach. Tsukasa Ayatsuji, ambitna przedstawicielka klasy, decyduje się kandydować na przewodniczącą samorządu uczniowskiego, co przynosi jej nowe wyzwania, ale i pogłębia jej więź z Junichim. Rihoko Sakurai, prowadząc wspólnie z nim klub herbaciany, wciąż stara się zebrać odwagę, by w końcu wyznać mu swoje uczucia. Ai Nanasaki natomiast zmaga się z niepewnością dotyczącą przyszłości ich związku, zwłaszcza że Junichi myśli o wyjeździe na studia, co może ich rozdzielić.

Z kolei Kaoru Tanamachi, najlepsza przyjaciółka Junichiego, zaczyna zastanawiać się, czy ich relacja może ewoluować w coś głębszego, podczas gdy Sae Nakata i Junichi muszą stawić czoła niedowierzaniu i zawiści kolegów z klasy, którzy nie mogą pogodzić się z tym, że tak słodka dziewczyna jest jego partnerką. W międzyczasie, Haruka Morishima, pełna pasji i spontaniczności, postanawia pójść o krok dalej i zaczyna poważnie rozważać wspólną przyszłość z Junichim, włącznie z planami małżeństwa.

Każda historia oferuje unikalną dynamikę, pokazując zarówno problemy, jak i radości płynące z dorastania i miłosnych relacji w nieustannie zmieniających się okolicznościach.

Kouichi Sakakibara, trzecioklasista Gimnazjum Północnego Yomiyama, wraca do szkoły po miesięcznej nieobecności spowodowanej problemami zdrowotnymi. Wśród nowych kolegów jego uwagę w szczególny sposób przykuwa Mei Misaki – tajemnicza dziewczyna z przepaską na oku, którą poznał podczas pobytu w szpitalu. Ku jego zdziwieniu, żaden z rówieśników nie potwierdza jej obecności w klasie, ostrzegając go przed angażowaniem się w sprawy „nieistniejące”.
Ignorując przestrogi, Kouichi nawiązuje nić porozumienia z Mei, co prowadzi go do odkrycia mrocznej prawdy stojącej za niepokojem kolegów. Krążące pogłoski o dawnym uczniu klasy 3-3 budzą grozę, lecz nikt nie chce podzielić się z Kouichim szczegółami tego ponurego incydentu.
Zaintrygowany klątwą prześladującą jego klasę, chłopak postanawia zgłębić jej powiązania z nowo poznaną przyjaciółką. W obliczu narastającej fali tragicznych wydarzeń, Kouichi, Mei oraz ich szkolni towarzysze stają przed wyzwaniem rozwiązania nadprzyrodzonej zagadki. Jednak cena za poznanie prawdy może okazać się niezwykle wysoka.

W dniu inauguracji nauki w gimnazjum, los splata ścieżki Mato Kuroi z Yomi Takanashi – introwertyczną dziewczyną, która natychmiast przykuwa uwagę Mato. Zaintrygowana, Mato podejmuje próby nawiązania kontaktu, mając nadzieję na zainicjowanie przyjaźni. Początkowo Yomi zachowuje dystans, jednak bariera między nimi zostaje przełamana, gdy jej wzrok pada na ozdobę telefonu Mato – błękitnego ptaszka, będącego odwołaniem do książki „Li’l Birds At Play”. To odkrycie wspólnej pasji staje się katalizatorem, który rozbudza między nimi więź, przekształcającą się w głęboką, serdeczną relację.
Równolegle, w alternatywnej rzeczywistości, obie dziewczyny manifestują się jako byty o niezwykłej naturze – Mato przybiera postać enigmatycznej Black★Rock Shooter, podczas gdy Yomi ucieleśnia się jako tajemnicza Dead Master. W tym wymiarze, wydarzenia rozgrywające się w jednym świecie zdają się rezonować z drugim, tworząc skomplikowaną sieć współzależności. Nieświadome tego fenomenu, dziewczyny zostają uwikłane w intrygującą grę losu, której zasady wykraczają poza ich pojmowanie, a konsekwencje mogą okazać się daleko idące dla obu rzeczywistości.