Imperialna Akademia Wojskowa Barsburg słynie z kształcenia elitarnych żołnierzy, którzy przyczyniają się do potęgi imperium. Studenci tej prestiżowej instytucji korzystają z umiejętności zwanej „Zaiphon”, która służy im w walce, a jej rodzaj zależy od osobowości danego użytkownika.
Teito Klein, jeden z najzdolniejszych uczniów akademii, zmaga się z wyzwaniami nie tylko jako wojownik, ale i jako sklave — niewolnik bez wspomnień o swojej przeszłości. Mimo to nawiązuje silną więź z przyjacielem Mikage. Podczas przygotowań do końcowego egzaminu, Teito niespodziewanie odkrywa mroczny sekret związany z jego przeszłością. Gdy próbuje zabić Ayanamiego, wysokiego rangą oficera odpowiedzialnego za śmierć jego ojca, plan nie dochodzi do skutku, a Teito zostaje uwięziony, czekając na wyrok.
Z pomocą Mikage udaje mu się uciec, znajdując schronienie w kościele w Siódmym Dystrykcie, gdzie opiekują się nim trzej biskupi. Tam, w cieniu nieustannego pościgu ze strony Ayanamiego i jego armii, Teito podejmuje próbę odzyskania utraconych wspomnień, by zrozumieć swoją rolę w przyszłości świata i odkryć, dlaczego jego los jest tak istotny dla całego imperium.
