Po roku nieobecności Shinpachi Shimura wraca do Edo, by natrafić na zaskakujący widok: jego towarzysze z Yorozuyi, Gintoki i Kagura, zmienili się nie do poznania! Zaskoczony tym, co zobaczył, Shinpachi w pośpiechu opuszcza ich siedzibę, tylko po to, by odkryć, że wszyscy mieszkańcy Edo ulegli niesamowitym przemianom – zarówno pod względem wyglądu, jak i charakteru. Największym szokiem jest dla niego wieść, że jego siostra Otae poślubiła Isao Kondou, szefa Shinsengumi i swojego dawnego, natrętnego wielbiciela, a teraz spodziewają się dziecka.
Zdezorientowany Shinpachi zgadza się pomóc Shinsengumi na prośbę Otae i Kondou, odkrywając przy tym jeszcze bardziej zdumiewające zmiany wśród członków organizacji oraz mieszkańców miasta. Jednak gdy spotyka Toushirou Hijikatę, który wydaje się jedyną osobą pozostałą bez zmian, Shinpachi łączy z nim siły, by przywrócić Edo do dawnego porządku, jaki pamiętał.
Z jeszcze większą dawką absurdalnych żartów, parodii popkultury i bezwstydnych odniesień, Gintama’ kontynuuje opowieść o przygodach Yorozuyi, wprowadzając ich w kolejne zabawne i szalone wydarzenia w kosmicznym świecie Edo.