Po przystąpieniu do ruchu oporu przeciwko bakufu, Gintoki wraz z ekipą ukrywa się u boku Katsury i jego rebeliantów z Joui. Wkrótce do Yorozuyi zgłaszają się Nobume Imai oraz dwaj członkowie Kiheitai, przynosząc wieści o zdradzie w szeregach piratów Harusame, którzy obrócili się przeciwko kapitanowi 7. dywizji, Kamui, oraz dawnemu sprzymierzeńcowi, Takasugiemu. Kiheitai zlecają Gintokiemu misję: odnalezienie Takasugiego, który zaginął po tym, jak jego statek wpadł w zasadzkę Harusame. Nobume ujawnia również szokującą prawdę o Tendoushuu, tajemniczej organizacji manipulującej wieloma frakcjami oraz ich przywódcy – Utsuro, postaci o niepokojącym podobieństwie do dawnego nauczyciela Gintokiego.
Wsiadając na statek kosmiczny Sakamoto, Yorozuya wraz z Katsurą wyruszają na Rakuyou, rodzinną planetę Kagury, gdzie różne frakcje już się zebrały, a napięcia sięgają zenitu. Stare konflikty, walki o władzę i złowieszczy plan Tendoushuu w końcu prowadzą do wielkiej, rozstrzygającej bitwy na Rakuyou, gdzie stawką jest los wielu światów.
