Minęły dwa lata od inwazji Tendoshuu na Centralny Terminal w O-Edo. W tym czasie członkowie Yorozuyi rozeszli się w różne strony. Gintoki Sakata, przewidując powrót Utsuro, podejmuje badania nad liniami energetycznymi Ziemi, szukając śladów Altany. Kiedy natrafia na pozostałości po Tendoshuu— którzy wciąż desperacko poszukują sposobu na nieśmiertelność— Gintoki wraca do Edo.
Wkrótce Shinsengumi oraz Yorozuya, zjednoczeni ponownie, rozpoczynają ofensywę przeciwko siłom okupującym Centralny Terminal. Gdy Altana pozyskana z wraku statku Tendoshuu zagraża wybuchem, Yorozuya i ich sojusznicy stają do walki, aby ocalić Edo i resztę świata, który stoi na skraju zagłady. Spełniając ostatnią wolę swojego mistrza, dawni uczniowie Shouyou Yoshidy jednoczą siły i konfrontują się z przeszłością, by ocalić swoją przyszłość.
