Kurisu Makise po powrocie do Akihabary po rocznym pobycie w Ameryce, ponownie spotyka się z Rintarou Okabe. Ich długo wyczekiwane spotkanie zostaje jednak zakłócone, gdy Okabe zaczyna doświadczać niepokojących wizji alternatywnych linii czasowych – konsekwencji jego wcześniejszych eksperymentów z podróżami w czasie. Te niebezpieczne efekty uboczne prowadzą do jego nagłego zniknięcia, pozostawiając Kurisu jako jedyną osobę, która zachowała wspomnienia o jego istnieniu.
Zrozpaczona Kurisu staje przed trudnym dylematem, który wystawia na próbę zarówno jej naukowe przekonania, jak i lojalność wobec przyjaciela. Musi zdecydować: czy uszanować życzenie Okabe, by nie ingerować w kontinuum czasoprzestrzenne, czy też zaryzykować wszystko dla ocalenia ukochanej osoby. Każda decyzja, którą podejmie, odbije się echem w przeszłości, teraźniejszości i przyszłości.
