Drugi sezon „Wind Breaker” kontynuuje historię Harukiego Sakury, ucznia szkoły Furin, który dołączył do grupy Bofurin, by chronić miasto Makochi. Tym razem bohaterowie mierzą się z nowymi wyzwaniami – przede wszystkim z bezwzględną grupą KEEL, która nie waha się używać broni palnej i przewagi liczebnej, by siać chaos. Akcja nabiera tempa, gdy członkowie Bofurin ruszają na ratunek przyjacielowi z drużyny. Ta pozornie prosta misja przeradza się w walkę o przetrwanie, wystawiając na próbę przywódcze umiejętności Sakury i jedność całego zespołu.
W trakcie sezonu – Haruki nie tylko stawia czoła wrogom, ale też zmaga się z własnymi wątpliwościami. Stopniowo odkrywa, że prawdziwa siła to nie tylko fizyczna przewaga – to także umiejętność współpracy, zaufania do przyjaciół i obrona tych, którzy nie mogą się bronić sami. Wątek główny wzbogacają nowi antagoniści oraz postacie drugoplanowe, jak tajemnicza dziewczyna w podartej sukni, której pojawienie się zapoczątkowuje mroczny kryminalny wątek. Kluczową rolę odgrywają również starsi uczniowie, tacy jak Ren Kaji. Ich doświadczenie i zimna krew często decydują o losach walki, dodając historii emocjonujących zwrotów akcji.