Banana Fish to intensywne i emocjonalnie poruszające anime, które łączy w sobie elementy thrillera, dramatu i akcji. Historia rozgrywa się w Nowym Jorku i skupia się na Ashlanie Jade’ie Callenreese, znanym jako Ash Lynx, charyzmatycznym i inteligentnym 17-latku, który jest przywódcą własnego gangu. Ash ma za sobą mroczną przeszłość – jako dziecko został porwany z ulic i wychowany przez Dino Golzine’a, potężnego i bezwzględnego bossa mafii. Mimo młodego wieku, Ash jest niezwykle sprytny, zdolny i nieustraszony, co czyni go zarówno cenionym, jak i niebezpiecznym przeciwnikiem.
Ash zaczyna prowadzić śledztwo w sprawie tajemniczego „Banana Fish” – zagadkowego terminu, który jego starszy brat, Griffin, powtarzał od czasu powrotu z wojny w Iraku. Jednak jego poszukiwania komplikują się, gdy Dino wysyła swoich ludzi, by schwytali Asha. W trakcie jednej z potyczek w podziemnym barze, który służy jako kryjówka Asha, poznaje Eijiego Okumurę, młodego Japończyka, który przyjechał do Stanów Zjednoczonych jako asystent fotografa Shunichiego Ibe. Eiji, choć początkowo nieświadomy niebezpieczeństw świata przestępczego, szybko zostaje wciągnięty w wir wydarzeń, gdy zostaje porwany przez ludzi Dino.
Ash, choć początkowo nieufny, zaczyna darzyć Eijiego coraz większym zaufaniem, a między nimi rodzi się głęboka i skomplikowana więź. Razem wyruszają w niebezpieczną podróż, by odkryć prawdę o Banana Fish, ratować swoich przyjaciół i stawić czoła przeszłości Asha, która nieustannie go prześladuje. Anime porusza trudne tematy, takie jak przemoc, wykorzystywanie, władza, lojalność i miłość, a także pokazuje, jak przeszłość kształtuje naszą teraźniejszość.