Przestępczość to zjawisko, które przetrwało przez wieki. W roku 2071, ludzkość osiedliła się w różnych zakątkach galaktyki, tworząc kolonie przypominające te na Ziemi. Te nowo powstałe społeczności borykają się z problemami przestępczości, takimi jak morderstwa, handel narkotykami oraz kradzieże. Międzygwiezdni przestępcy są ścigani przez coraz liczniejszą grupę nieustraszonych łowców nagród.
Spike Spiegel i Jet Black podróżują po kosmosie, ścigając złoczyńców, aby zarobić na życie. Spike, ukrywając się za maską nonszalancji, nosi w sobie ciężar swojej burzliwej przeszłości. Z kolei Jet zmaga się z własnymi problemami, troszcząc się o Spike’a i ich statek – Bebopa. Do ich zespołu dołącza uwodzicielska oszustka Faye Valentine, ekscentryczne dziecko Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV oraz Ein, inteligentny Corgi o bioinżynieryjnym pochodzeniu.
W miarę jak zacieśniają się relacje między członkami załogi i wspólnie próbują złapać różnorodnych złoczyńców, ich spokojna egzystencja zostaje zakłócona przez demony przeszłości Spike’a. Gdy dawny przeciwnik wprowadza w życie swój niebezpieczny plan, Spike staje przed trudnym dylematem: pozostać z nowo odkrytą rodziną, czy też wybrać drogę zemsty.
Gdy Cowboy Bebop zadebiutował wiosną 1998 roku na antenie TV Tokyo, widzowie mogli zobaczyć jedynie odcinki 2, 3, 7-15 oraz 18. Emisję zakończono specjalnym odcinkiem podsumowującym, znanym jako Yose Atsume Blues. Ograniczenie to było wynikiem zaostrzenia cenzury anime po kontrowersjach związanych z Evangelionem, co spowodowało wycofanie większości serii z powodu brutalnych treści. Serial został jednak w pełni wyemitowany bez cenzury na kanale satelitarnym WOWOW jesienią tego samego roku. Choć Cowboy Bebop nie zdobył wielkiej popularności w Japonii, sprzedał się w ponad 19 000 egzemplarzy DVD, a ogólnie w 81 000 egzemplarzy. Główny bohater, Spike Spiegel, zdobył nagrodę dla najlepszego męskiego bohatera, a Megumi Hayashibara została wyróżniona jako najlepsza aktorka głosowa za rolę Faye Valentine odgrywaną w latach 1999 i 2000.
Największy sukces Cowboy Bebop odniósł w Stanach Zjednoczonych, gdzie zadebiutował na kanale Adult Swim w 2001 roku i był wielokrotnie powtarzany. Dzięki wyraźnym wpływom zachodnim, serial trafił w gusta amerykańskiej publiczności, stając się wręcz „wciągającym” anime skierowanym do dorosłych widzów.