Z powodu niezdrowych nawyków i niewłaściwego stylu życia, organizm pewnego człowieka staje się polem bitwy. Ciało wypełnione zarazkami, bakteriami i szkodliwymi substancjami, staje się coraz bardziej chaotyczne, a codzienne zadania komórek stają się trudniejsze i bardziej ryzykowne. Erytrocyt AA2153 i leukocyt U-1196 to jedni z tych nieszczęsnych bohaterów, którzy dorastali w tym nieuporządkowanym środowisku, próbując wykonywać swoje obowiązki – nawet jeśli oznacza to utratę życia przez wiele innych komórek.
W świecie radykalnie różnym od tego, z którego się wywodzą, Hataraku Saibou Black ukazuje desperacką walkę komórek, które każdego dnia walczą o utrzymanie ciała w ruchu. Jednak stan gospodarza nieustannie się pogarsza, a sukces ich wysiłków staje się coraz bardziej niepewny. Czy mimo wszystko uda im się uratować to rozpadające się ciało?