Puppet Princess to dynamiczne anime osadzone w feudalnej Japonii, pełne akcji, tajemnic i niezwykłych marionetek. Główna bohaterka, Rangiku Ayawatari, jest ostatnią ocalałą ze swojego klanu, a jej celem jest zemsta na okrutnym władcy Sadayoshim Karimacie, który wymordował jej rodzinę i ukradł sekrety unikalnych lalek bojowych jej ojca.
Rangiku w poszukiwaniu legendarnego ninja trafia na Yasaburou Manajiriego, wędrowca ściganego przez tajemniczych „nieśmiertelnych ninja” – wojowników, którzy potrafią przetrwać śmiertelne ciosy. Gdy odkrywają, że ich losy splata wspólny wróg, postanawiają połączyć siły, by stawić czoła złowrogim machinacjom Karimaty i odkryć mroczną prawdę kryjącą się za jego marionetkami.
Anime łączy elementy samurajskiego kina akcji, horroru oraz fantastyki, oferując widzom widowiskowe walki, niepokojącą atmosferę i intrygującą fabułę pełną sekretów i zwrotów akcji.