Mardock Scramble: The Third Exhaust to trzeci i finałowy rozdział adaptacji powieści Tow Ubuka z serii Mardock Scramble. Anime śledzi losy Balot, byłej prostytutki, która przeszła dramatyczną przemianę po tym, jak została uratowana z rąk zabójcy. W The Third Exhaust Balot, wspierana przez Oeufcoque’a i Eastera, staje przed ostatecznym wyzwaniem: musi dotrzeć do kasyna BlueEgg w Mardock City i odnaleźć chip, który zawiera wspomnienia Shell’a — mężczyzny, którego zabiła.
Te wspomnienia są kluczowe dla powodzenia jej sprawy w sądzie, gdzie Balot ma szansę na pełne zadośćuczynienie, jednak jeśli nie uda jej się odnaleźć chipa, jej sprawa zostanie odrzucona, a jej życie, oraz życie jej sojuszników, będzie zagrożone. W trakcie tej niebezpiecznej misji, Balot musi unikać nie tylko niebezpiecznego Boileda, który jest gotów poświęcić wszystko, by ją złapać, ale także stawić czoła własnym demonom i moralnym dylematom.
W tym pełnym napięcia, cyberpunkowym thrillerze, Balot zmaga się z konsekwencjami swojej przeszłości, poszukując sprawiedliwości i wolności w świecie pełnym zdrady, manipulacji i niebezpieczeństw. Pytanie brzmi: czy uda jej się odkryć prawdę i przeżyć, czy też jej los będzie przypieczętowany w mrocznych korytarzach Mardock City?