No.6 to postapokaliptyczne anime, które łączy tajemnicę, dramat i elementy dystopijne, w którym dwóch chłopaków odkrywa mroczne sekrety swojego świata.
Akcja toczy się w dalekiej przyszłości, po zakończeniu wojny światowej, kiedy to ludzkość schroniła się w sześciu miastach-państwach, uważanych za bastiony pokoju i dobrobytu. Miasto-państwo nr 6 jest jednym z takich utopijnych miejsc, w którym żyją tylko elity, a wszelkie problemy wydają się być rozwiązane i nieistotne. Jednak życie Shiona, utalentowanego i uprzywilejowanego mieszkańca tego miasta, zmienia się diametralnie, gdy przypadkowo spotyka Nezumi – tajemniczego chłopca z zewnątrz, który żyje na niebezpiecznych i zapomnianych pustkowiach poza murami miasta.
Mimo że Nezumi jest zbiegłym uciekinierem, Shion postanawia pomóc mu, chroniąc go przed niebezpieczeństwem. To działanie ma dramatyczne konsekwencje: Shion i jego matka tracą swój status elity, a miasto zaczyna odsłaniać swoje mroczne tajemnice. Po latach Shion i Nezumi ponownie się spotykają, a ich wspólna podróż prowadzi ich w głąb tajemnic No. 6, ujawniając przerażające sekrety ukrywane przez miasto.
W trakcie ich przygód, Shion i Nezumi odkrywają nie tylko zło tego świata, ale również siłę ich więzi, które staną się kluczowe w walce o prawdę i sprawiedliwość w tym dystopijnym świecie.