W ponurym świecie, gdzie brutalna rzeczywistość splata się z groteską, los rodzeństwa Utsutsu i Yume Hasegawa nabiera przerażającego wymiaru. Porzuceni przez okrutnych rodziców, zmuszeni do radzenia sobie sami, natrafiają na coś, co z początku wydaje się być tylko iluzją – piękne, krwawoczerwone motyle unoszące się nad ich światem. Nie wiedzą jednak, że te tajemnicze istoty są zwiastunem mrocznego koszmaru, który niebawem odmieni ich życie na zawsze.
Wkrótce w ich ciałach zaczyna działać tajemniczy wirus o nazwie Pupa. Yume, pod pełnym wpływem jego mocy, przechodzi wstrząsającą i przerażającą transformację. Staje się potworną istotą z wiecznie niezaspokojonym głodem ludzkiego mięsa. Utsutsu natomiast, częściowo dotknięty przez wirusa, zyskuje niebywałą zdolność regeneracji, co pozwala mu przetrwać najgorsze rany i obrażenia. Choć fizycznie pozostał człowiekiem, jego życie zmienia się w walkę na śmierć i życie, w której stara się chronić swoją siostrę i równocześnie powstrzymać jej zabójczy głód.
Pupa to opowieść o niewyobrażalnym poświęceniu i miłości, jaką Utsutsu darzy swoją młodszą siostrę. Pomimo tego, w co zamieniła ją infekcja, Utsutsu nie rezygnuje z niej, przysięgając, że zawsze będzie przy niej, nawet gdy ceną będzie jego własne ciało. Każde ugryzienie Yume, każde rozszarpane przez nią kawałki jego ciała, to dla niego jedynie sposób na powstrzymanie jej przed atakowaniem innych, jednocześnie dając jej szansę na przetrwanie.
Historia brata, który walczy z potworem, którym stała się jego siostra, przybiera formę desperackiej walki o zachowanie człowieczeństwa w obliczu absolutnego koszmaru. Utsutsu nie tylko stara się ochronić niewinnych ludzi przed niszczycielską mocą Yume, ale także desperacko szuka sposobu, aby ją uratować – przywrócić jej dawną postać i ocalić od tej koszmarnej egzystencji. Każdy dzień to nieustanne zmagania, gdzie miłość i instynkt opiekuńczy stają się jedynym powodem, dla którego Utsutsu wciąż stawia czoła brutalnej rzeczywistości.
