Od wieków elitarna grupa wojowniczek, znanych jako „Toji,” chroni ludzkość przed Aratamą – złowrogimi istotami zagrażającymi światu. Współczesne Toji zostały zintegrowane z siłami policyjnymi, a rząd stworzył pięć elitarnych szkół, by kształcić nowe pokolenia wojowniczek w sztuce walki mieczem. Uczennice tych szkół są trenowane, by nie tylko eksterminować Aratamę, ale także dołączyć do szeregów Toji, chroniąc porządek i bezpieczeństwo na świecie.
Kanami Etou, uczennica Akademii Minoseki, zostaje wybrana do reprezentowania swojej szkoły w prestiżowym turnieju walki na miecze. Podczas rywalizacji poznaje Hiyori Juujou, tajemniczą wojowniczkę z własnym sekretnym celem. Gdy Kanami i Hiyori docierają na szczyt turnieju, wydarzenia przybierają dramatyczny obrót – dochodzi do zdrady w szeregach Toji, która rzuca ich świat w chaos.
Zmuszone do ucieczki i zdradzone przez byłych towarzyszy, Kanami i Hiyori podejmują desperacką walkę, by odkryć prawdę, która kryje się za zdradą oraz Aratamą. „Toji no Miko” to pełna akcji opowieść o odwadze, lojalności i poszukiwaniu sprawiedliwości, w której wojowniczki muszą zmierzyć się zarówno z zewnętrznymi potworami, jak i wewnętrznymi konfliktami.
