„Vanitas no Karte Part 2” kontynuuje mroczną i fascynującą opowieść o wampirach, klątwach i tajemnicach w steampunkowym świecie XIX-wiecznego Paryża. W drugiej części serii, Vanitas i Noé Archiviste wyruszają do miasteczka Gévaudan w poszukiwaniu legendarnej „Bestii” – ogromnego, wilkopodobnego stworzenia, które zmasakrowało setki ludzi. Podejrzewając, że Bestia jest wampirem niosącym klątwę, Vanitas ma przede wszystkim nadzieję na uleczenie jej za pomocą mocy swojego grimoire’u.
Podczas podróży, dwaj bohaterowie zostają rozdzieleni i niespodziewanie przenoszą się do przeszłości – dokładnie do momentu, gdy Bestia czai się w lesie. Po walce z gigantycznym wilkiem i łowcą wampirów, Vanitas decyduje się połączyć siły z Jeanne, aby odnaleźć Noé. Pomimo bycia sojusznikami, cel Jeanne jest przeciwny do zamiarów Vanitasa – została ona bowiem wysłana, aby zabić Bestię, podejrzewając, że może nią być ktoś, kogo kiedyś znała.
Tymczasem ciężko ranny Noé zostaje odnaleziony przez tajemniczą Chloé d’Apchier i jej sługę. Podobnie jak Noé, Chloé jest wampirem, którego istnienie zostało wymazane z publicznej wiedzy. Pełniła ona rolę strażniczki dla przyszłych pokoleń i niegdyś próbowała znaleźć sposób, by ponownie stać się człowiekiem. Chociaż Noé jest wdzięczny Chloé za jej gościnność, nie ma pojęcia, że może ona sprzymierzać się z siłami znacznie bardziej niebezpiecznymi niż sama Bestia.