Po zakończeniu wydarzeń z Amagami SS, Junichi Tachibana, licealista, kontynuuje rozwijanie swoich relacji z dziewczynami ze swojej szkoły. Amagami SS+ Plus oferuje świeże spojrzenie na to, co dzieje się po zakończeniu indywidualnych historii każdej z bohaterek, dostarczając nowej dawki emocji i komplikacji w ich życiu uczuciowym.
Każda z dziewcząt wchodzi w nowy etap relacji z Junichim, a ich losy splatają się z jego w różnych, nieprzewidywalnych kierunkach. Tsukasa Ayatsuji, ambitna przedstawicielka klasy, decyduje się kandydować na przewodniczącą samorządu uczniowskiego, co przynosi jej nowe wyzwania, ale i pogłębia jej więź z Junichim. Rihoko Sakurai, prowadząc wspólnie z nim klub herbaciany, wciąż stara się zebrać odwagę, by w końcu wyznać mu swoje uczucia. Ai Nanasaki natomiast zmaga się z niepewnością dotyczącą przyszłości ich związku, zwłaszcza że Junichi myśli o wyjeździe na studia, co może ich rozdzielić.
Z kolei Kaoru Tanamachi, najlepsza przyjaciółka Junichiego, zaczyna zastanawiać się, czy ich relacja może ewoluować w coś głębszego, podczas gdy Sae Nakata i Junichi muszą stawić czoła niedowierzaniu i zawiści kolegów z klasy, którzy nie mogą pogodzić się z tym, że tak słodka dziewczyna jest jego partnerką. W międzyczasie, Haruka Morishima, pełna pasji i spontaniczności, postanawia pójść o krok dalej i zaczyna poważnie rozważać wspólną przyszłość z Junichim, włącznie z planami małżeństwa.
Każda historia oferuje unikalną dynamikę, pokazując zarówno problemy, jak i radości płynące z dorastania i miłosnych relacji w nieustannie zmieniających się okolicznościach.
