W alternatywnej linii czasu względem Fate/stay night, Święty Graal został wykradziony podczas Trzeciej Wojny i przeniesiony do Rumunii przez ród magów Yggdmillennia. Po upływie lat, klan Yggdmillennia publicznie oznajmia posiadanie Graala i ogłasza secesję z Mage’s Association, co prowadzi do bezprecedensowego konfliktu – Wielkiej Wojny o Święty Graal.
W przeciwieństwie do klasycznego formatu wojny, gdzie siedmiu magów współzawodniczy indywidualnie, tutaj konfrontują się dwa zorganizowane obozy:
- Czarna Frakcja (Yggdmillennia) – dążąca do ustanowienia nowego ładu magicznego.
- Czerwona Frakcja (Mage’s Association) – zmierzająca do odzyskania utracongeo Graala.
Każde ugrupowanie dysponuje siedmioma duetami Master-Servant, zaś nad prawidłowym przebiegiem konfliktu czuwa Ruler – Joanna d’Arc, przywołana jako bezstronna mediatorka. Gdy starcie eskaluje, decydującą rolę odgrywa Sieg, homunkulus, który dziedziczy moce poległego Sługi – Siegfrieda – stając się nieprzewidzianym uczestnikiem tej śmiertelnej rozgrywki.
