W niewielkim miasteczku, gdzie alchemia splata się z codziennością, dwaj młodzi bracia, Edward i Alphonse Elric, stoją u progu tragicznego odkrycia. Powodowani miłością i tęsknotą, złamali najświętsze tabu alchemii – próbę wskrzeszenia zmarłego. Ich desperacka próba przywrócenia do życia ukochanej matki kończy się katastrofą, której echa będą rezonować przez lata.
W błysku alchemicznej energii, Alphonse traci fizyczną formę, jego ciało rozpływa się w nicości. Edward, w akcie desperackiej ofiary, płaci nogą za życie brata, a następnie oddaje własne ramię, by związać duszę Alphonse’a z potężną, średniowieczną zbroją. Ta noc na zawsze odmienia los braci Elric, rzucając ich w wir przygody pełnej bólu, nadziei i nieustępliwego dążenia do odkupienia.
Uratowani przez sąsiadkę, Pinako Rockbell i jej wnuczkę Winry, bracia rozpoczynają długą drogę do odzyskania tego, co utracili. Winry, cudowne dziecko w dziedzinie biomechaniki, tworzy dla Edwarda protezy z „automailu” – niezwykłego metalu łączącego w sobie wytrzymałość zbroi z finezją ludzkiego ciała. Jej dzieło staje się integralną częścią Edwarda, symbolem jego determinacji i ciężaru, który niesie.
Lata mijają, a bracia Elric, hartowani przez trening i doświadczenia, wyruszają w podróż, która wykracza daleko poza granice ich rodzinnego miasteczka. Ich celem jest legendarny Kamień Filozoficzny – artefakt o mocy przewyższającej zasady Ekwiwalentnej Wymiany, fundamentalne prawo alchemii. W ich umysłach kiełkuje nadzieja, że to właśnie ten mityczny klejnot pozwoli im odzyskać utracone ciała i naprawić błędy przeszłości.
Edward, dzięki swojemu geniuszowi i nietypowej protezie, zyskuje przydomek „Fullmetal Alchemist”. Jego sława rośnie, przyciągając uwagę zarówno sprzymierzeńców, jak i wrogów. Bracia, wędrując przez krainy pełne tajemnic i niebezpieczeństw, odkrywają, że ich osobista tragedia jest zaledwie nitką w skomplikowanej tkaninie intryg, które oplatają cały świat.
Z każdym krokiem swojej podróży, Edward i Alphonse zagłębiają się coraz bardziej w mroczne sekrety alchemii, władzy i ludzkiej natury. Stają twarzą w twarz z potężnymi przeciwnikami, niewyobrażalnymi zagrożeniami i własnymi demonami. Ich więź braterska, silniejsza niż stal automailu Edwarda, zostaje wystawiona na próbę, gdy odkrywają, że cena za spełnienie ich marzenia może być wyższa, niż kiedykolwiek przypuszczali.
W miarę jak tajemnice się pogłębiają, a stawka rośnie, bracia Elric uświadamiają sobie, że ich poszukiwania Kamienia Filozoficznego są częścią znacznie większego planu – spisku, który może zagrozić nie tylko im, ale całemu znanemu światu. Balansując na krawędzi między nadzieją a rozpaczą, Edward i Alphonse muszą zmierzyć się z trudnymi wyborami moralnymi i odkryć, co naprawdę znaczy być człowiekiem w świecie, gdzie granice między nauką, magią i człowieczeństwem zacierają się z każdym dniem.