Shirou Emiya, przeciętny licealista, nosi w sobie bolesną przeszłość – jako jedyny przeżył katastrofalny pożar, który pochłonął setki istnień. Został ocalony i przygarnięty przez Kiritsugu Emiyę, enigmatycznego maga, który wprowadził go w podstawy magicznych sztuk, zaszczepiając w nim jednocześnie głębokie przekonanie, że „musi stać się bohaterem sprawiedliwości”.
Shirou po śmierci Kiritsugu, wiedzie spokojne życie, oferując swoją pomoc potrzebującym i wykorzystuje swój talent do naprawiania przedmiotów. Pewnej nocy przypadkowo staje się świadkiem śmiertelnej konfrontacji między dwoma Sługami – potężnymi duchami historycznych postaci, przywołanymi przez magów do udziału w Piątej Wojnie o Święty Graal. Shirou w następstwie tego wydarzenia zostaje śmiertelnie zraniony, jednak w obliczu nieuchronnej śmierci, nieświadomie przyzywa własną Sługę – Saber, odważną rycerz w błyszczącej zbroi.
Bohater wciągnięty w wir konfliktu jako nieoczekiwany uczestnik, musi zmierzyć się z sześcioma innymi zespołami magów i Sług, z których każdy kieruje się własnymi motywacjami w walce o Święty Graal – artefakt mogący spełnić dowolne życzenie. Czy jednak idealistyczne dążenie Shirou, by „ocalić wszystkich”, zdoła przetrwać w rzeczywistości, gdzie każda decyzja wymaga ofiary?
