Święty Graal – mityczny artefakt o mocy spełniania wszelkich życzeń – doprowadził do trzech krwawych konfliktów, z których żaden nie przyniósł rozstrzygnięcia. U progu Czwartej Wojny o Święty Graal, potężna dynastia magów Einzbernów decyduje się odmienić tok wydarzeń. W tym celu angażuje Kiritsugu Emiyę, znanego jako „Zabójca Magów” – bezlitosnego najemnika łączącego nowoczesne metody walki z zakazaną magią. Jako wynagrodzenie za udział w konflikcie otrzymuje małżeństwo z Irisviel, sztucznie stworzoną „powłoką Graala” oraz możliwość urzeczywistnienia swojego najskrytszego marzenia.
Konflikt rozgrywa się pomiędzy siedmioma Magami, z których każdy przywołuje potężnego Sługę – heroicznego ducha z przeszłości, między innymi legendarnych wojowników takich jak Saber, Archer czy Berserker. Kiritsugu, wspomagany przez króla Artura pod postacią Saber, stopniowo uświadamia sobie, że prawdziwe niebezpieczeństwo może nie pochodzić od przeciwników, lecz z wewnętrznych sprzeczności jego własnych ideałów. Jego najgroźniejszym rywalem okazuje się Kirei Kotomine, duchowny poszukujący w tym konflikcie odpowiedzi na własną egzystencjalną próżnię.
