„Suzumiya Haruhi no Shoushitsu” (Zniknięcie Haruhi Suzumiyi) to tajemnicza i emocjonująca kontynuacja przygód Kyona i Brygady SOS. Ta historia rzuca bohatera w zupełnie nową, niepokojącą rzeczywistość.
Pewnego grudniowego dnia Kyon przybywa do szkoły, spodziewając się kolejnej zwariowanej eskapady u boku Haruhi oraz reszty Brygady SOS. Ku swojemu przerażeniu odkrywa jednak, że świat, który znał, uległ całkowitej zmianie. Haruhi Suzumiya i Itsuki Koizumi zniknęli, Mikuru Asahina nie ma pojęcia, kim jest Kyon, a Yuki Nagato stała się zwyczajną, nieśmiałą dziewczyną. Co więcej, dawno nieobecna Ryouko Asakura powróciła w niewytłumaczalny sposób.
Kyon, jako jedyny świadomy pierwotnej rzeczywistości, musi zdecydować, czy zaakceptować nowe, spokojne życie, którego zawsze pragnął, czy też spróbować przywrócić chaotyczny, ale pełen przygód świat, który do tej pory znał. Wciągnięty w zagadkę, której rozwiązanie leży w jego rękach, rozpoczyna desperacką podróż w poszukiwaniu prawdy i odpowiedzi na pytanie – co tak naprawdę oznacza dla niego Brygada SOS.
