Vampire Knight to mroczna opowieść osadzona w tajemniczej Cross Academy, szkole podzielonej na dwie klasy: dzienną i nocną. Główni bohaterowie, energiczna Yuuki Cross i powściągliwy Zero Kiryuu, pełnią funkcję członków komitetu dyscyplinarnego, którego zadaniem jest pilnowanie porządku podczas wymiany klas. Jednak za tą pozornie zwyczajną rutyną kryje się niezwykły sekret – uczniowie klasy nocnej są wampirami, co pozostaje tajemnicą dla zwykłych uczniów z klasy dziennej.
Historia komplikuje się poprzez osobiste doświadczenia bohaterów. Yuuki, uratowana dziesięć lat wcześniej przed atakiem wampirów przez Kaname Kurana – wampira czystej krwi i obecnego przywódcę klasy nocnej – zmaga się ze swoimi uczuciami do swojego wybawcy. Jej pozycja w komitecie dyscyplinarnym daje jej możliwość częstszych spotkań z Kaname, co tylko pogłębia jej emocjonalne rozterki.
Kontrastem dla tej relacji jest Zero, który pała głęboką nienawiścią do wszystkich wampirów i nie wierzy w możliwość pokojowej koegzystencji między nimi a ludźmi. Jego radykalne nastawienie ma swoje korzenie w mrocznej przeszłości, której sekrety wkrótce zaczynają zagrażać kruchej równowadze panującej w akademii.
Seria łączy elementy romansu, nadnaturalnego dramatu i tajemnicy, eksplorując skomplikowane relacje między ludźmi a wampirami. W miarę rozwoju fabuły, na jaw wychodzą kolejne sekrety z przeszłości bohaterów, które mogą na zawsze zmienić życie wszystkich mieszkańców Cross Academy. To opowieść o miłości, nienawiści, tajemnicach i próbie znalezienia równowagi między dwoma światami.