Kiedy ma dojść do tragedii, Satoru Fujinuma zostaje wysłany w przeszłość na kilka minut przed wypadkiem. Ten 29-letni mangaka wykorzystuje swoje niezwykłe, choć tajemnicze zdolności — które nazywa „Odrodzeniem” — aby zapobiegać nieszczęściom i ratować życie innych.
Jednak kiedy zostaje niesłusznie oskarżony o zamordowanie kogoś bliskiego, Satoru po raz kolejny doświadcza „Odrodzenia”, tym razem przenosząc się aż o 18 lat wstecz, do roku 1988. Wkrótce odkrywa, że to, co spotkało jego bliską osobę, może być związane z zaginięciem i śmiercią jego szkolnej koleżanki, Kayo Hinazuki, samotnej i tajemniczej dziewczynki, która zniknęła, gdy Satoru był dzieckiem. To właśnie teraz pojawia się jego szansa, aby zmienić bieg wydarzeń.
Boku dake ga Inai Machi opowiada o podróży Satoru, który stara się odkryć prawdę o wydarzeniach sprzed 18 lat i zapobiec morderstwu Kayo, a jednocześnie ochronić osoby, które są mu drogie w teraźniejszości.
